右大将（女君）の失踪
世間では男として通っているのに懐妊の事実を周囲に知られるわけにもいかず、思い悩んだ女君は宰の中将と相談をして本意ではないけれど宰の中将に囲ってもらうしかないと決断し、宰の中将が宇治に建てた屋敷にひっそり身を隠しそこで男児を出産します。
女君は、一時は女性の姿に戻り若君の世話をしながら宰の中将の帰りを待つ妻として静かに過ごしていました。
しかし、宰の中将の相変わらずの女好きの癖に腹立たしくもあきれた気持ちになり、また宮中で過ごした日々を忘れることもできず、このまま夫を待つだけの女ではいたくないと考え始めます。
そんな折、突然姿を消した右大将（女君）を宮中では誰もが心配し、父左大臣はあまりの悲しさに寝込んでしまいます。
悲しみに暮れる父を心配した尚侍（男君）は、体調を崩し床に臥せている父の看病と称して里帰りの許可をもらい、そこでこっそり男姿に戻って行方の知れない女君を探しに行きます。
一旦は宇治でお互いの姿を見届けたものの、男君と女君はすれ違ってしまいますが、その後、男君は以前女君が訪れたことがあると聞いた吉野の里を訪れて吉野の宮と出会います。
そして、吉野の宮の計らいにより二人は再会をはたします。
再会
再会した二人は、お互いの今までの経緯、そして今後をよくよく話し合いました。
容姿が驚くほどに似通っていたために入れ替わっても何とか周囲を欺けるであろうと、それぞれ男性女性としてのあるべき姿に戻り、女君は尚侍として男君は右大将として宮廷に戻ります。
母は違うのにあまりにもそっくりな容姿であったため、二人が入れ替わって戻っても誰も疑う者はいませんでした。
再び逆転 本来の姿へ
女姿であった頃は人見知りで内気だった男君ですが、本来の姿に戻ってからは男らしく凛々しく、そして女性への関心も人並みの男として持ち合わせ、四の君とも夫婦仲を深めて子をもうけます。
また、吉野の宮の姉娘を妻として迎え、男装だった女君と懇意だった麗景澱の女とも、男君と入れ替わったことに気づかれぬまま関係を続け、子を授かります。
女君は尚侍として女東宮に仕えておりましたが、東宮に会いに来た帝に見初められます。女君の美しさが忘れられない帝は、ある夜女君の寝所に忍び込み関係を持ちます。
帝は女君が初めてでないことに驚きますが、それさえも気にならないほどに美しく艶やかな女君をとても愛しく思い片時も離さず、女君は帝の寵愛を一身に受けて男児（一宮）を出産し、中宮から女御を経て后になります。その後も、帝との間に二宮・三宮・姫宮をもうけ帝の愛を変わらず受け続けます。
ただ、女君はとても幸せな中、宇治に捨て置いてきてしまった我が子のことだけがずっと気がかりでいましたが、後に偶然若宮（息子）と会う機会があり立派に育った我が子に感慨を受けるのでした。
そして、母とは名乗ることはできませんが、若宮の成長をそっと見守ります。
若宮の方も后と合った時何かただならぬ感情を覚え、もしかしたらこの人が母かもしれないと心ひそかに思うのでした。
こうして男のようだった女君も、女のようだった男君も、取り換えた姿を本来の姿に戻したのちも、それぞれの性の立場で出世し愛をはぐくみ幸せな人生を送ります。
ただ、内大臣（もと宰の中将）だけは男装していた女君のことをいつまでも忘れきれず、時折恋しさに物思いにふけるのでした。
